cellvit package

Subpackages

• cellvit.config package
  • Submodules
  • cellvit.config.config module
  • cellvit.config.templates module
    • get_template_point()
    • get_template_segmentation()
• cellvit.inference package
  • Submodules
  • cellvit.inference.cli module
  • cellvit.inference.inference module
  • cellvit.inference.overlap_cell_cleaner module
  • cellvit.inference.postprocessing_cupy module
  • cellvit.inference.postprocessing_numpy module
• cellvit.models package
  • Subpackages
    • cellvit.models.base package
      • Submodules
      • cellvit.models.base.vision_transformer module
    • cellvit.models.cell_segmentation package
      • Submodules
      • cellvit.models.cell_segmentation.backbones module
      • cellvit.models.cell_segmentation.cellvit module
      • cellvit.models.cell_segmentation.cellvit_256 module
      • cellvit.models.cell_segmentation.cellvit_sam module
      • cellvit.models.cell_segmentation.postprocessing module
    • cellvit.models.classifier package
      • Submodules
      • cellvit.models.classifier.linear_classifier module
    • cellvit.models.utils package
      • Submodules
      • cellvit.models.utils.blocks module
      • cellvit.models.utils.download_models module
      • cellvit.models.utils.sam_utils module
• cellvit.utils package
  • Submodules
  • cellvit.utils.cache_models module
  • cellvit.utils.cache_test_database module
  • cellvit.utils.check_cupy module
    • check_cupy()
  • cellvit.utils.check_module module
    • check_module()
    • perform_module_check()
  • cellvit.utils.check_ray module
  • cellvit.utils.clean_classifier module
  • cellvit.utils.download module
  • cellvit.utils.logger module
    • ColoredFormatter
      • ColoredFormatter.format()
      • ColoredFormatter.None
      • ColoredFormatter.__init__()
      • ColoredFormatter.converter()
      • ColoredFormatter.default_msec_format
      • ColoredFormatter.default_time_format
      • ColoredFormatter.format()
      • ColoredFormatter.formatException()
      • ColoredFormatter.formatMessage()
      • ColoredFormatter.formatStack()
      • ColoredFormatter.formatTime()
      • ColoredFormatter.usesTime()
    • Logger
      • Logger.level
      • Logger.comment
      • Logger.log_parent_dir
      • Logger.use_timestamp
      • Logger.formatter
      • Logger.file_level
      • Logger.create_logger()
      • Logger.__init__()
      • Logger.create_handler()
      • Logger.create_logger()
    • NullLogger
      • NullLogger.critical()
      • NullLogger.debug()
      • NullLogger.error()
      • NullLogger.info()
      • NullLogger.warning()
    • PrintLogger
      • PrintLogger.critical()
      • PrintLogger.debug()
      • PrintLogger.error()
      • PrintLogger.info()
      • PrintLogger.warning()
  • cellvit.utils.ressource_manager module
  • cellvit.utils.tools module
  • cellvit.utils.tools_cp module

Submodules

cellvit.check_system module

cellvit.detect_cells module

cellvit.ray_logger_test module